El museo aborda la historia del poderío marítimo de la Serenísima. Una de las salas está dedicada al Bucintoro, el navío de gala del dux, que Napoleón destruyó en 1798 y que hoy está en proceso de reconstrucción. Una parte de la colección se expone en el Pabellón de las Naves. En los hangares donde se fabricaban los remos pueden verse una cincuentena de barcos.