Fue en este monasterio encaramado a un saliente de la roca y formado por edificios del s. XIII donde san Francisco instituyó la tradición del portal de Belén. La capilla del Pesebre está decorada con frescos de la escuela de Giotto. También podrá ver los lugares en los que vivió el santo y, en el piso superior, la iglesia primitiva, de 1228 y dotada del mobiliario original.