Acondicionado en el ala oriental del desaparecido claustro de la antigua abadía de San Benigno, el museo custodia las colecciones regionales del periodo comprendido entre la Prehistoria y la Edad Media. Sus magníficas salas románicas acogen esculturas galorromanas, entre las que destaca la estatuilla de la diosa Secuana. El antiguo dormitorio de los monjes está dedicado a la escultura medieval, mientras que en el patio pueden verse un bonito friso que representa a las diosas madres de Alesia y sarcófagos merovingios de los ss. V y VI. También se exponen algunas piezas de los ss. XIV a XIX.