Entre el decumanus y los aposentos imperiales se erigían los edificios religiosos. A un lado el mausoleo dedicado al culto del emperador, al otro los tempos de Venus y Cibeles, hoy desaparecidos, y el de Júpiter, del que Diocleciano se proclamara descendiente para afianzar su poder. En el s. VI este santuario sería transformado en una iglesia dedicada a San Juan Bautista y a partir de finales del s. IX empezaría a ser utilizado como baptisterio de la catedral (la fuente bautismal es imponente). La esfinge que puede verse en el exterior, al igual que la del peristilo, proviene de Egipto.