Este museo eclesiástico reúne obras de gran valor histórico y artístico. Entre ellas cabe destacar: la arqueta relicario de San Isidoro (s. XI), un arca de madera recubierta de plata repujada, el caliz de Doña Urraca, formado por dos copas de ágata romano-orientales, y la Arqueta de los Esmaltes (s. XII), compuesta por 17 planchas de cobre recubiertas de esmaltes de Limoges. La biblioteca alberga 800 documentos en pergamino, 400 incunables, entre ellos una Biblia mozárabe de 960, y 1 055 volúmenes antiguos y raros de los ss. XVI a XVIII.