El modesto edificio renovado de la basílica de Santa Sofía albergó el VII concilio ecuménico en 787. El santurario, convertido en mezquita, que se ve en la actualidad fue reconstruido por Sinan en el s. XVI, aunque decayó rápidamente. La nave central, flanqueada por dos naves laterales y cerrada por un ábside, ha conservado su synthronon (gradas reservadas al clero), con un mihrab otomano. En el suelo aún pueden verse algunos bellos mosaicos bizantinos, contemporáneos del hermoso fresco que decora el muro norte y en el que están representados Jesús, María y san Juan Bautista.