Desde su nacimiento en Maine hasta su desembocadura en la bahía de Fundy, el San Juan atraviesa primero una región dedicada a la explotación forestal, para luego regar uno de los valles más prósperos de Nuevo Brunswick. Desde el s. XIX viene constituyendo un importante eje de paso. A lo largo de su periplo por el valle no puede perderse el Kings Landing Historical Settlement, réplica de un pueblo del s. XIX, ni la impresionante garganta de Grand Falls.